国立研究開発法人海洋研究開発機構（JAMSTEC）
当館の「深海ｌ～JAMSTECとの共同研究～」では国立研究開発法人海洋研究開発機構（JAMSTEC）と協力し、日本で初めてとなる深海生物の長期飼育技術の開発に関する共同研究を行っています。
国立研究開発法人海洋研究開発機構：海洋の総合的開発利用の推進に寄与するため、海洋科学技術センター法に基づき、産学官の協力の下に、科学技術庁(現在は文部科学省)傘下の認可法人として1971(昭和46)年10月に設立されました。2015(平成27年)4月から国立研究開発法人へ移行され、新たに出発しています。
国際海洋環境情報センター（GODAC）
国際海洋環境情報センター（GODAC）は、国立研究開発法人海洋研究開発機構（JAMSTEC）がこれまでに調査・保有する貴重な深海生物などのビデオ映像や論文・資料等のデジタル処理化を行い、海洋・地球環境情報の収集・加工しインターネットで提供をおこなっています。
また、研究者の方のみならず、学生や一般の方がご利用いただける講義室や映像システム、各種端末等の機器類を無料で利用開放しています。
世界淡水魚園水族館(愛称：アクア・トト ぎふ）
世界最大級の淡水魚水族館。自然環境を再現した館内では、岐阜県に流れる木曽三川・長良川の源流を出発点に、魚類・両生類など約260種28,500もの日本から世界の川の生き物と出会えます。
深海シャトルビークル「江戸っ子1号」プロジェクト
不況にあえぎ、後継者不足や技術伝承に苦しむ東京下町の町工場が、力を合わせて8000mの深海にチャレンジし、世界最深部の魚類の三次元ビデオ撮影と海底の泥を採取してくるプロジェクトです。
